- Kementrian hukum dan Hak asasi manusia (Kemenkumham) RI
- Dalam kementrian hukum dan HAM terdapat direktorat Jenderal Peraturan Perlindungan HAM yang mempunyai tugas merumuskan dan melaksanakan kebijakan dan standarisasi teknis di bidang perlindungan HAM.
- Komisi Nasional Hak asasi Manusia (Komnas HAM)
- Komnas HAM pada awalnya dibentuk dengan Keputusan Presiden Nomor 50 Tahun 1993 untuk melaksanakan fungsi pengkajian dan penelitian, penyuluhan, pemantauan dan mediasi.
- Pengadilan Hak Asasi Manusia
- Pengadilan HAM merupakan pengadilan khusus yang berada dilingkungan peradilan umum yang menangani kasus pelanggaran HAM yang bersifat berat. Pengadilan HAM ini ditetapkan dengan UU nomor 26 tahun 2000.
- Komisi Nasional Antikekerasan terhadap Perempuan
- Komisi ini dibentuik berdasarkan Keputusan Presiden Nomor 181 Tahun 1998 untuk menangani kasus pelanggaran HAM terhadap perempuan.
- Komisi Nasional Perlindungan Anak
- Komisi ini dibentuk pada tanggal 26 Oktober 1998 sebagai organisasi independen di bidang pemenuhan dan perlindungan hak anak di Indonesia.
- Komisi Kebenaran dan Rekonsiliasi
- Komisi ini dibentuk berdasarkan UU Nomor 27 tahun 2004 yang tugasnya memberikan alternatif penyelesaian pelanggaran HAM berat di luar pengadilan HAM dan sebagai mediasi antara pelaku dengan korban pelanggaran HAM berat.
Di samping lembaga penegakkan HAM yang dibentuk oleh pemerintah, masyarakat juga mendirikan berbagai lembaga HAM dalam bentuk LSM (Lembaga Swadaya Masyarakat) yang dikenal dengan nama LSM Prodemokrasi dan HAM. Yang termasuk LSM ini antara lain :
- Yayasan Lembaga Bantuan Hukum Indonesia (YLBHI)
- Komisi untuk orang Hilang dan Korban Tindak Kekerasan (Kontras)
- Lembaga Study dan Advokasi Masyarakat (Elsam)
- Perhimpunan Bantuan Hukum dan Hak Asasi Manusia (PBHI)